Το σωζόμενο κτιριακό συγκρότημα της μονής αποτελείται από το κεντρικό ναό «Καθολικό» και το Περίβολο. Αρχιτεκτονικά, το καθολικό της μονής, περιγράφεται ως εξής: Ο ναός είναι σταυροειδής εγγεγραμμένος, φέρει στα δυτικά νάρθηκα και απολήγει στα ανατολικά σε τρεις ημικυκλικές εσωτερικά και πολυγωνικές εξωτερικά αψίδες. Στα πλάγια διαμερίσματα του κυρίως ναού και του νάρθηκα φέρει ρηχούς θόλους – ασπίδες, ενώ η πρόθεση και το διακονικό καλύπτονται με τρουλίσκους. Στο εξωτερικό, το μνημείο αλλάζει μορφή διότι οι στέγες δεν παρακολουθούν την εσωτερική διάρθρωση της ανωδομής, αλλά η κάλυψη γίνεται με μεγάλες αμφικλινείς και διασταυρούμενες στέγες, επάνω από τις οποίες υψώνονται οι τρεις τρούλοι. Η τοιχοδομία είναι από αργολιθοδομή, εκτός από τους τρούλους και τις αψίδες, όπου χρησιμοποιούνται πωρόλιθοι και πλίνθοι.
Σε θωράκιο, το οποίο ευρίσκεται εντοιχισμένο πάνω από την είσοδο του ναού υπάρχει ένας ανάγλυφος διπλός σταυρός, σε βαθμιδωτή βάση, που πλαισιώνεται από κληματίδα με σταφύλια. Σε τέσσερα μετάλλια, στις κεραίες του σταυρού, αναγράφεται το ΙΣ-ΧΡ, ΝΙ-ΚΑ ενώ στο άνω τμήμα του πλαισίου υπάρχει η επιγραφή: «Στ(αυ)ρωπήγιων του Οικουμενικού Πατρι(ά)ρχου», η οποία επαναλαμβάνεται με νεότερους χαρακτήρες και στο κάτω τμήμα του θωρακίου. Στοιχείο δηλωτικό της εξάρτησης της μονής κατευθείαν από το Οικουμενικό Πατριαρχείο.
Έχοντας ως βάση μια επιγραφή που βρέθηκε στη θέση «Παλιάτες» και «Λιρούτσες», όπου το τοπωνύμιο «Παλαιοθεολόγος», υποθέτουμε ότι στη θέση παλαιότερης μονής υψώθηκε, το έτος 1571, μοναστήρι, όταν επίσκοπος Δημητριάδος ήταν ο Ιωσήφ.
Το πλήθος των χάλκινων και χρυσών, κυρίως σκυφωτών νομισμάτων, τα λεγόμενα υπέρπυρα της εποχής του Αλεξίου του Κομνηνού (11ος αι.) των Παλαιολόγων και τα μεσοβυζαντινά όστρακα – θραύσματα αγγείων, μαρτυρούν το πλούτο του μοναστηριού που καταστράφηκε στα δύσκολα χρόνια της Θεσσαλικής ιστορίας 14ος – 15ος αι.. Στη θέση «Παλιοθεολόγος», στα ερείπια βυζαντινής μονής ανοικοδομείται το 1571, η Μονή Ιωάννη του Θεολόγου, η οποία, στα μέσα του 18ου αιώνα, μετακινήθηκε στη θέση που σήμερα ευρίσκεται απέναντι του Κάστρου της Βελίκας. Οι λόγοι μεταφοράς ήταν πιθανότατα, η έλλειψη νερού ή οι καθιζήσεις του εδάφους. Ακόμα, η εγγύτητα στη παραλιακή οδό για θαλάσσιες μεταφορές σε εποχή ανάπτυξης της βιοτεχνίας και του εμπορίου.
Με κριτήριο τη βυζαντινή μονή (προ του 1571), βασικό στοιχείο της παρουσίας των νομισμάτων της περιόδου του 11ου αι. καθώς και του βυζαντινού θωρακίου, στο δυτικό τμήμα της σημερινής μονής, αλλά και λόγω του μεγέθους της κτηματικής περιουσίας της, υποθέτουμε ότι μάλλον ήταν κτίσμα του Αλεξίου Α΄ του Κομνηνού, σε σχέση βεβαίως, με τη διέλευση του αυτοκράτορα από τη περιοχή του Όρους των Κελλίων όπως καταγράφεται από την Άννα Κομνηνή στην «Αλεξιάδα» και τη θέλησή του να οργανώσει, διά του οσίου Χριστοδούλου, το κοινοβιακό σύστημα ζωής στους ελεύθερους κελλιώτες και ασκητές του βουνού των Κελλίων. Εάν, δηλαδή, οι Κελλιώτες μοναχοί δέχθηκαν, εκ των υστέρων το «Κανόνα» του Οσίου Χριστοδούλου (εσωτερικό κανονισμό), ιδρύθηκε στα τέλη του 12ου αι. η κεντρική Μονή «το Κυριακό», όπως δηλώνει το ενσωματωμένο σήμερα στο νέο κτίσμα του 1851 θωράκιο, και αναγορεύθηκε σε Σταυροπήγιο του Οικουμενικού Πατριαρχείου. Η εν λόγω μονή καταστράφηκε με την παρουσία, αργότερα στη περιοχή των Καταλανών και των Αλβανών, (1204-1370). Στο συντηρημένο σήμερα μοναστήρι, υπάρχουν μερικές αξιόλογες επιγραφές. Στη δυτική όψη του ανατολικού τμήματος, στο νεοκατασκευασμένο μέρος του περιβόλου του ναού και δεξιά της εισόδου, υπάρχει μία εντοιχισμένη μαρμάρινη πλάκα. Αυτή είναι χαραγμένη και στις δύο όψεις της. Την πίσω μπορούμε να τη δούμε από το εσωτερικό του περιβόλου. Τα κεφαλαία γράμματα δεν είναι βαθιά χαραγμένα ή υπέστησαν φθορές και γι’ αυτό διαβάζονται δύσκολα.
Η επιγραφή αυτή έχει ως εξής:
ΔΙΑ ΣΙΝΔΡΟΜΗΣ ΚΑΙ Αν βασιστούμε στη χρονολογία που αναγράφει το έτος 1776
ΚΟΠΟΥ ΙΕΡΟΘΕΟΥ ΙΕΡΟ και το όνομα του Ιερομονάχου
Ιεροθέου, το σωζόμενο κτίριο
ΜΟΝΑΧΟΥ 1776 διαδέχθηκε παλαιότερο κτίσμα, των μέσων του 18ου αιώνος.
ΜΗΝΙ ΔΙΚΕΜΡΙΟΣ λ
Κώστας………………..
Στην μπροστινή όψη, γύρω από έναν ανάγλυφο σταυρό με τα σύμβολα IC XC, διαβάζουμε:
Δ[ΙΑ] ΣΙΝΔΡΟΜΙC ΚΑΙ ΚωΠΟΥ CEPA
ΦΜ ΙΕΡΟΜΩ IC XC ΝΑΧΟΥ Ω ΠΑΤΗΡ
ΜΟΥ ΓΕΩΡΓΗΟC Η ΜΗΤΗΡ ΜΟΥ ΦΑΝΗ
ΑΠΟ ΧΟΡΙΟΝ ΑΘΑΝΑΤΟΥ Ι ΚΤΙCTIC
ΤΗC MONHC 18 51 ZOYΠΑΝΟΤΙC
MHCTOY TOYTΩ ΜΑΡΤΙΟΥ 2
ΑΞΟΜΗCTOC TOY
Η δεύτερη επιγραφή μάς πληροφορεί ότι η Μονή του Θεολόγου της Βελίκας, η οποία καταστράφηκε από πυρκαγιά το έτος 1848, ανοικοδομήθηκε με έξοδα του ιερομονάχου Σεραφείμ και των γονιών του Γεωργίου και Φανής, που ήταν Αθανατιώτες, στις 2 Μαρτίου 1851, από μαστόρους Ζουπανιώτες (Πεντάλοφος της Κοζάνης). Μέσα στο ιερό του ναού, στα δεξιά της πρόθεσης υπάρχει μία τοιχογραφημένη μικρογράμματη επιγραφή, που ως συνέχεια της δεύτερης αναφέρει ότι οι εργασίες περατώθηκαν τον Ιούλιο του 1857, οπότε και εγκαινιάστηκε ο ναός. Η αγιογράφηση ανατέθηκε από τον ηγούμενο Σεραφείμ στο σαμαριναίο ζωγράφο – ιερέα Γεώργιο και περατώθηκε το Μάιο του έτους 1860, «ιστορήθη ο παρών θείος καί ιερός ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου δηά σηνδρομής του πανοσηοτάτου κυρίου σεραφήμ καί ηγουμένου της μονής ταυτις. ιερατεύοτες τούς πανσηοτάτου Κυρίους ηοακίμ ιερομονάχου εν έτει 1860 Μαΐου 13 εγγινηάστικεν ο θείος ναός Ιουλίου 12 επή έτους 1857 χει Γ.ω.γ.ου, ιερέως σ.μ.ρ.ν.ου».
Το μοναστήρι υφίστατο ανακαινισμένο από τον Ιερομ. Ιερόθεο το 1776. Μετά ταύτα ο οικονόμος της παπα-Θεόκλητος, από τη Μελίβοια (1871-1884),διαχειρίζεται περιουσιακά στοιχεία από μετόχια της μονής στη Κασσάνδρα Χαλκιδικής (χωριό Άγιος Ιωάννης) και στη σκήτη της Αγιάς – Θεολογίτικο μετόχι. Αποδεδειγμένα, το 1874 o ηγούμενος Ιωακείμ προσπαθεί να επιβεβαιώσει νομικά τα όρια της κτηματικής περιουσίας της μονής, λόγω του ότι ο «συνορλαμάς» (κτηματολόγιο) είχε καταστραφεί στην πυρκαγιά του 1848. Μετά το 1874 και για είκοσι χρόνια, τα κτήματα της μονής ενοικιάσθηκαν στον Ευγένιο και στη Στεφανία Φάβρ, οι οποίοι δολίως προσπάθησαν να ιδιοποιηθούν τη μοναστηριακή περιουσία.
Από το 1888 και μετά τα μοναστήρια της Αγιάς γνωρίζουν παρακμή. Η Μητρόπολη εγκαθιστούσε ως ηγούμενο και οικονόμο στη μονή έναν από τους εγγάμους ιερείς (εφημέριο Μελίβοιας). Το 1895 δικαιώθηκαν οι δικαστικές διεκδικήσεις της μονής και η κτηματική περιουσία της περιήλθε στη διαχείριση της Οικονομικής Εφορίας Αγιάς. Οι δασικές της εκτάσεις παραχωρήθηκαν στη Κοινότητα. Αργότερα, το 1920, επικαρπωτής των εσόδων της μονής είναι η Ελληνική Αεράμυνα. Έκτοτε οι καταπατήσεις, οι παράνομες εκχερσώσεις και τελικά η εξαγορά με μικρό τίμημα στους αυθαιρέτως κατέχοντας τα υποστατικά της μονής κατέστησαν τον «παππού τον Θεολόγο» κατ’ ανάγκην ακτήμονα.