Πρόκειται για ένα ναό μικρό, με νάρθηκα κτισμένο με συλλεκτές πέτρες, αλλά και αρχιτεκτονικά μέλη παλαιού λουτρού. Στο εσωτερικό του σώζεται μία ημικατεστραμμένη σαρκοφάγος της υστεροβυζαντινής περιόδου. Ο Ν. Γιαννόπουλος αναφέρει ότι ο ναός ήταν το 1940 ερείπια και το τέμπλο του απότελούνταν εκ δρυφράκτων μαρμαρίνων. Παρουσιάζει και σήμερα την εικόνα μεσοβυζαντινού κτίσματος σε αρχαιότερη (ίσως παλαιοχριστιανική) θέση. Υπάρχουν παλαιο-χριστιανικά όστρακα (κεφαλοτύρια), μαρμάρινες πλάκες από τάφους και τμήματα τοιχοδομίας. Οι κάτοικοι ανέσκαψαν τον ναό το 1940 περίπου. Έκτοτε, έχει επικρατήσει κατάσταση παραίτησης (χορτάρια, βάτοι και αγκάθια). Περί το 1990 υψώθηκε μέσα στο χώρο του μνημείου ένα σύγχρονο προσκυνητάρι. Σε απόσταση 30μ. βόρεια, υπάρχει ένα εξωκκλήσι που διασώζει τη μνήμη του εν λόγω μνημείου.
Το ότι ο προϊστορικός οικισμός της Αμυγδαλής και τα ερείπια του βυζαντινού ναού βρίσκονται στον ίδιο χώρο, ευνοεί μια ενιαία αντιμετώπιση του προβλήματος της διάσωσης και του προϊστορικού οικισμού και της ανάδειξης όσο είναι δυνατό του Βυζαντινού μνημείου. Εικάζεται ότι ο ναός μπορεί να ταυτισθεί με τον Ναό της Θεοτόκου του «Κούκουρα» ο οποίος αναφέρεται σε έγγραφο του 1275 (15ης Αυγούστου) ως αφιερωμένος στην Ι. Μονή Νέας Πέτρας.