Από τον 10ο αιώνα οι κατά τόπον επίσκοποι της Μεγάλης του Χριστού Εκκλησίας επέβαλαν στις μονές εισφορές και με κάθε τρόπο προσπαθούσαν να πετύχουν την άρση της σταυροπηγιακής τους «αξίας».
Η περίπτωση της Μονής «Μαρμαριανών» στην περιοχή της Μητροπόλεως Λαρίσης και η διαμάχη του Ηγουμένου της Σταυροπηγιακής Ι. Μ. Αγίου Δημητρίου με τον επίσκοπο Χαρμένων πιστοποιεί την επιδίωξη του επισκόπου της Μητροπόλεως Λαρίσης να διασφαλίσει την υπαγωγή των Μοναχών στη δικαιοδοσία του.
Οι αυθαιρεσίες των Μητροπολιτών και Επισκόπων επί των Μονών συνετέλεσαν στη διαμόρφωση του θεσμού των «αυτοδέσποτων» Μονών.
Κατά παράβαση των Ιερών Κανόνων πολλές Μονές, και αυτές του Όρους των Κελλίων στις Ν.Α. υπώρειες του Κισσάβου, διοικούνταν αυτοτελώς από κάθε άποψη.
Δεν υπόκειντο δηλαδή πνευματικά ή διοικητικά στον επιχώριο Επίσκοπο ή στον Πατριάρχη, δεν μνημόνευαν στις ιερές ακολουθίες το όνομα τους, και αντ’ αυτού, μνημόνευαν, «πάσα επισκοπή ορθοδόξων».
Η αυτονομία – ανεξαρτησία από εκκλησιαστική, πολιτική ή κοσμική αρχή, καθώς και η εξαίρεση καταβολής φόρων προς το δημόσιο, ήταν τα γνωρίσματα του θεσμού των «Αυτοδέσποτων Μονών».
Επειδή όμως σύμφωνα με τον κανόνα 15 της εν Κων/λει Πρωτοδευτέρας Συνόδου η άρνηση μνημόνευσης του ονόματος του Πατριάρχου, επισείει την ποινή της έκπτωσης από το ιερατικό αξίωμα, ο Αλέξιος Στουδίτης (1025-1043) ως Πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως, θέλοντας να θέσει τέλος στις αυθαιρεσίες των Μονών, όρισε κανόνες υπακοής και οι μοναχοί – ηγούμενοι, επανήλθαν προσωρινά στην κανονική τάξη.
Την περίοδο της βασιλείας του Αλεξίου Α΄ Κομνηνού (1081-1118) είχαν αυξηθεί σε μεγάλο βαθμό οι «σχίσμα ποιούντες», λόγω του ότι πλέον αυξήθηκαν οι ιδιώτες κτήτορες Ιερών Μονών, οι χαριστικάριοι και οι επίσκοποι που παραχωρούσαν δικαιοδοσίες και στον ίδιο τον αυτοκράτορα ο οποίος με το να παραχωρεί μοναστηριακές προσόδους σε συγγενείς και φίλους του, είχε το «δικαίωμα» να παρεμβαίνει ακόμα και σε εκλογή Ηγουμένου, να την επικυρώνει, ή ακόμα και να παραδίδει την ποιμαντική ράβδο στον νέο εκλεγέντα ηγούμενο.
Αφού λοιπόν ο Αλέξιος απαλλοτρίωσε μοναστηριακά κτήματα για τις ανάγκες του πολέμου κατά των Νορμανδών (1083) και δώρισε αρκετά σε όσους τον υποστήριξαν στους αγώνες του εναντίον των εχθρών της Αυτοκρατορίας, αποφάσισε να επέμβει λόγω διοικητικών προβλημάτων των νέων αυτοδέσποτων Μονών και εξέδωσε την προνομιακή Νεαρά 37 το 1096.
Η «Νεαρά» παραχωρούσε πνευματικά δικαιώματα στον Οικουμενικό Πατριάρχη: δηλαδή, άσκηση πνευματικής εποπτείας επί των Μονών, και επισκοπικά δίκαια στον οικείο Επίσκοπο: δηλαδή, έγκριση ή ανάκληση πράξεων, επιβολή επιτιμίων και χειροθεσία του Ηγουμένου. Με τον τρόπο αυτό επήλθε εν μέρει η κανονική τάξη της ένταξης των Μονών υπό τον οικείο Επίσκοπο και η σχετική αυτοδεσποτία περιοχών αποκομμένων από τα κέντρα διοίκησης, όπως Άγιον Όρος και το Όρος των Κελλίων παρά τους πρόποδας του Κισσάβου στον σημερινό Δήμο Αγιάς.
Μετά την περίοδο της βασιλείας του Αλεξίου στα τέλη του 12ου αιώνος (1190) οι Μονές αυτονομήθηκαν και παρέκκλιναν της κανονικής τάξεως, επειδή δεν κατέστη εφικτός ο περιορισμός του θεσμού των χαριστικαρίων, με όσα σκάνδαλα αυτός επέφερε στην εσωτερική αυτοδιοίκησή των.
Οι αυτοδέσποτες Μονές καθιερώθηκαν και η ίδρυση των επικυρωνόταν δια αυτοκρατορικών χρυσοβούλλων που τις απάλλασσαν «της βλαπτικής επήρειας» των αρχόντων.
Επομένως, τα μέτρα συνέβαλλαν στην ανακαίνιση του μοναχικού βίου (Νεαρά 37 του Αλεξίου) εκ της πνευματικής παρακμής – κατάπτωσης του μοναχισμού, «εξαχρειώσεως του μοναχισμού και των εκκλησιαστικών θεσμών», την οποία έπρεπε να διορθώσουν ο Αυτοκράτορας και ο Πατριάρχης, αλλά, μάλλον δεν απέδωσαν πλήρως διότι στη Νεαρά 41 (1107) του Αλεξίου Κομνηνού γίνεται λόγος περί «κινδύνου της εκκλησιαστικής καταστάσεως» λόγω αδιεξόδου εφαρμογής των μέτρων.
Η προνιακή μοναστική πολιτική του Αλεξίου Κομνηνού προς το Άγιον Όρος. (Προνόμια και ασυδοσία την περίοδο των Κομνηνών).
Μετά το πρώτο Τυπικό του Άθω που καταρτίσθηκε το έτος 972 (εκ παραδόσεως) μερίμνη του Αυτοκράτορα Ιωάννη Τσιμισκή, το οποίο συμπλήρωσε με αίτημα των Αθωνιτών μοναχών το Τυπικό του Κωνσταντίνου Μονομάχου (1046) ιδιαίτερη μέριμνα για το Άγιον Όρος έδειξε ο Αυτοκράτορας Αλέξιος Κομνηνός:
α) Κατοχύρωσε καθεστώς εσωτερικής αυτοδιοίκησης των Μονών, ως πολιτική προστασίας των προκατόχων του.
β) Νομοθέτησε πράξεις αφιερωμένες στην εγγύηση ανεξαρτησίας του Αγίου Όρους το οποίο προσωπικά επιθυμούσε να καταστήσει πρωτότυπη μοναστική πολιτεία.
γ) Εθέσπισε, «είναι το Άγιον Όρος ελεύθερον και μηδεμίαν φορολογίαν ή επήρειάν τινα έχει τους μοναχούς έως της συντελείας του αιώνος …».
δ) Απομάκρυνε νομοθετικά τους πολιτικούς από κάθε ανάμειξη στα διοικητικά. «Μηδεμίαν κοινωνίαν εχέτωσαν οι πολιτικοί άρχοντες εν τω αγίω όρει».
ε) Εξέδωσε Νόμο με το χαρακτηρισμό «Λύσις».
1) «Αλλ’ ούδε επίσκοπον … θεσπίζομεν εις το Άγιον Όρος … διά το μη δεσμεύειν τας εκκλησίας και εντολάς διδόναι …».
2) «Αναγκαίον εστίν, ίνα η ελευθερία του όρους φυλαχθή και μηδέποτε υπό ενορίαν μητροπολίτου ή επισκόπου γένηται …». («Λύσις» = γνωστοποίησις της αυτοκρατορικής θελήσεως …).
στ) Εξέδωσε «Πιττάκιον Βασιλικόν»: «Πατέρες άγιοι, οι το άγιον όρος κατοικούντες, οίδατε ότι καθάπερ η Κωνσταντινούπολις και Βασίλισσα των πόλεων επάνω πασών των πόλεων εστι, ούτως το βασιλικώτατον και θείον όρος εις τα της οικουμένης όρη», (Meyer, Haupturkunden, 174) , διά του οποίου καταδεικνύεται το όραμα του Αυτοκράτορα ως δήλωση ενός μακρόπνοου σχεδίου για τη διαμόρφωση του Αγίου Όρους σε πρότυπη μοναχική πολιτεία ή όπως ανέφερε ο Langlois (Geographie σ. 7), ότι ο Αλέξιος ήθελε να καταστήσει τη μοναχική πολιτεία του Άθω σε κέντρο της Ορθοδοξίας και έδρα της ανώτατης εκκλησιαστικής αρχής της Αυτοκρατορίας.
Ούτω πως, δια του Αλεξίου Κομνηνού κατοχυρώνεται η εσωτερική αυτοδιοίκηση των Μονών του Άθω, (1081-1118) με προνόμια «εκ των ου προσηκόντων» λόγος Χρυσόβουλλος (του Ανδρονίκου 1312).
Η παρέκκλιση από τα ιεροκανονικά κριτήρια του μοναχισμού διά της «εποπτείας» υπό του Αυτοκράτορα Αλεξίου (Νεαρά 37) επανήλθε τον Νοέμβριο του 1312 με Πατριαρχικό Σιγίλλιο του Πατριάρχου Κωνσταντινουπόλεως Νήφωνος (1311-1314) ο οποίος επενέβη διακριτικά στο καθεστώς αυτοδιοίκησης των Αγιορείτικων Μονών και έθεσε το Όρος υπό Πατριαρχική κανονική αναφορά και πνευματική «ηγεμονία» διά του «Πρώτου» και της μνημονεύσεως του ονόματός του στα σταυροπήγια.
Τα ανωτέρω επεκύρωσε ο Αυτοκράτωρ Ανδρόνικος Β΄ Παλαιολόγος (1282-1328) με τον «Χρυσόβουλλο λόγο» του, το ίδιο έτος (1312).
Είναι φανερό ότι ενώ επί της εποχής Βασιλείου Α΄ (867-886), Λέοντος Στ΄ (886-912), Ρωμανού Α΄ (919-944), Νικηφόρου Β΄ Φωκά (963-969), Ιωάννου Τσιμισκή (972), Κωνσταντίνου Μονομάχου (1046) των Αυτοκρατόρων, το Άγιο Όρος έτυχε «Αυτοκρατορικής Προστασίας» δια «Τυπικών» διατάξεων των ετών 972 και 1046, η βασιλική προστασία από «πάσης επεμβάσεως» σήμαινε και Βασιλική εξουσία επί του Αγίου Όρους (διοικητική εποπτεία) η οποία είχε καταστεί κοινή συνείδηση στη Μεγάλη του Χριστού Εκκλησία.
Συνοπτικά: Η αυτοκρατορική αυτονομία – ασυδοσία του Αγίου Όρους 427 ετών (885 Βασιλείου Α΄ -1312 Νήφων Α΄ Πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως) μετετράπη από «θεοσυνέργητος» πολιτεία υπό στρατηγών και Βασιλικών ανθρώπων εξασφαλιζόμενη, εις Εκκλησία υπό «δεσπότην» λαμβάνουσα χάρη και πατριαρχικήν σφραγίδα. Ακολούθησε η Σερβοκρατία (1331-1355) και Χρυσόβουλλο του Δουσάν (1345) με προνόμια φορολογικά.
Το 1368 ο Πατριάρχης Φιλόθεος Α΄ επαναφέρει την κανονική τάξη, υπό επισκοπική κυριαρχία. Ωστόσο, υπό Πατριάρχου Αντωνίου Δ΄ το 1392 καταργούνται τα ισχύοντα επισκοπικά δίκαια στην Αθωνική πολιτεία, τα οποία επικυρώνει το 1394 ο Μανουήλ Β΄ Παλαιολόγος.
Η κανονική τάξη επανέρχεται το 1573 όταν ο Πατριάρχης Αλεξανδρείας Σιλβέστρος με την άδεια του Πατριάρχου Ιερεμία Β΄ (Κωνσταντινουπόλεως) συγκαλεί Σύναξη των Αγιορειτών Ηγουμένων στο Άγιο Όρος, οι οποίοι συναποφασίζουν και επικυρώνουν με σιγίλλιο το «Νέο Τυπικό» που επικύρωσε το 1574 ο Ιερεμίας και διά του οποίου ρύθμισε το κοινοβιακό καθεστώς της αυτοδιοίκησης.